我國實行一國兩制制度，因此香港特別行政區的專利制度與大陸的專利制度并行，對于在中國大陸提出申請的專利，香港特別行政區不會自動給予保護。如果申請人僅在中國大陸的國家知識產權局申請專利，將無法保護其在香港特別行政區的權益。

　　一、香港專利類型

　　香港特別行政區的專利包括標準專利和短期專利。標準專利的有效期最長為20年，并且需要在第三年以后每年續期一次。短期專利的有效期最長為8年，并且需要在提交申請日起計四年后續期一次。

　　二、標準專利申請流程

　　1、轉錄標準專利

　　轉錄標準專利必須以三個指定專利局的專利注冊為基礎，即中國專利局、英國(聯合王國)專利局和歐洲專利局(歐洲專利指定英國)，專利申請程序分為以下兩個階段。

　　第一階段：

　　指定專利申請的記錄請求：在指定專利局發表指定專利申請后的6個月內(從專利申請公布日起6個月內)提交記錄請求，向香港知識產權署注冊處申請備案，由香港知識產權署注冊處對指定專利申請進行形式審查。如果指定專利申請的形式檢查合格，則予以備案并公布。如果指定專利申請存在問題，香港知識產權署注冊處會通知申請人在兩個月內作出更正。指定專利申請是在指定專利局公開的專利申請;指定中國的PCT申請需要由中國專利局以中文進行公布，在中文公布之日起的6個月內提交記錄請求;如果指定中國的PCT申請已由國際局以中文公布，須在收到中國專利申請號后的6個月內(或者在進入中國國家階段日起6個月內)提交記錄請求。

　　第二階段：

　　自指定專利申請被指定專利局授權之日起(或指定專利申請授權公告之日起)的6個月內，向香港知識產權署注冊處申請注冊與批予請求。香港知識產權署注冊處對指定專利申請進行形式審查。如果指定專利申請的形式檢查合格，則準予注冊并授予香港標準專利和公布。如果指定專利申請存在問題，香港知識產權署注冊處會通知申請人在兩個月內作出更正。

　　2、原授標準專利

　　2019年12月19日，《2016年專利(修訂)條例》及《2019 年專利(一般)(修訂)規則》生效后，申請人可直接在香港提交原授標準專利申請，無需先在香港以外的指定專利局提交相應的專利申請。

　　與轉錄標準專利申請不同，原授標準專利須由香港知識產權署注冊處處長進行形式審查和實質審查。實質審查用于確定專利申請是否具有可專利性，即該專利申請是否具有新穎性，創造性和工業實用性。

　　三、短期專利申請流程

　　短期專利需要以PCT檢索單位(例如中國專利局、歐洲專利局、美國專利局、日本專利局、奧地利專利局、澳大利亞專利局和瑞典專利局等)或其中一個指定專利局作出的檢索報告為基礎，僅進行形式審查，不作實質性審查。指定中國的實用新型PCT申請在收到中國專利局給出的中國專利申請號后的6個月內(或者在進入中國國家階段之日起6個月內)，可以向香港知識產權署申請短期專利，申請人需要提供PCT階段的國際檢索報告。如果短期專利申請存在問題，香港知識產權署注冊處會通知申請人在兩個月內作出更正。與對獨立權利要求的數量沒有限制的原授標準專利或轉錄標準專利不同，短期專利最多只能包括兩項獨立權利要求。此外，雖然香港知識產權署注冊處在短期專利的申請階段僅對短期專利申請進行形式審查，但短期專利的所有人或第三方可在短期專利授權后請求香港知識產權署注冊處對短期專利進行實質審查，短期專利的所有人在展開強制執行的法律程序前，也必須先請求香港知識產權署注冊處對該短期專利進行實質審查。